Alcoutim está situado junto do Sítio “Guadiana” (PTCON0036), inserido na Rede Natura 2000, qua inclui, além do principal curso de água em si, os afluentes Vascão, Cobres e Oeiras. A sua inclusão está relacionado com a ocorrência de diversas espécies animais e vegetais ameaçadas e vários habitats protegidos ao abrigo da Directiva Habitats. Este rio é um importante corredor migratório para espécies terrestres e aquáticas. Destacam-se as espécies piscícolas, designadamente o Saramugo (Anaecypris hispanica), a cumba (Barbus comiza) e a Boga-do-guadiana (Chondrostoma wilkomii), sendo este um dos poucos locais onde estas espécies ocorrem, a nível mundial.
O Guadiana é um local muito importante para o mexilhão-do-rio (Unio crassus) e um dos únicos locais do país onde ocorrem as libelinhas Oxigastra curtisii e Coenagrion mercuriale, ambas protegidas ao abrigo da Directiva Habitats.
Em termos de fauna superior, destaca-se a ocorrência de numerosas espécies de aves nesta zona, com destaque para a Águia de Bonelli(Hieraaetus fasciatus), o Bufo-real (Bubo bubo), o Rouxinol-do-mato (Cercothricas galactotes), entre muitas outras.
Destaca-se ainda a presença de Lontra (Lutra lutra) e diversas espécies de morcegos como Myotis myotis, Miniopterus schreibersi.
Ao nível de habitats, destaque para os extensos povoamentos de azinhal (Quercus rotundifolia) existentes na encostas orientadas para o rio e as galerias ripicolas nos afluentes do Guadiana.
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