Alcoutim befindet sich in der Nähe des Flusses Guadiana (PTCON0036), der in das ökologische Netz der Natura 2000 eingebunden ist, das außer dem Hauptfluss die Nebenflüsse Vascão, Cobres und Oeiras einschließt. Der Fluss wurde in das europäische Netz aufgenommen, da in ihm verschiedene bedrohte Tier- und Pflanzenarten als auch verschiedene Habitate (Lebensräume) vorkommen, die durch die Habitatrichtlinien geschützt sind. Dieser Fluss ist ein wichtiger Wanderkorridor für Land-und Wasserarten. Hervorzuheben sind die Fischarten Saramugo (Anaecypris hispanica), die Iberische Barbe (Barbus comiza) und die Nase (Fisch) des Guadianas (Chondrostoma wilkomii).
Der Fluss Guadiana ist ebenfalls ein wichtiger Ort für die Flussmiesmuscheln (Unio crassus) und einer der wenigen Orte, in denen die Libellen (Oxigastra curtisii und Coenagrion mercuriale) vorkommen, beide unter den Schutz der Habitatrichtlinie.
Im Bereich der höheren Fauna hebt sich das Vorkommen von zahlreichen Vogelarten in diesem Gebiet hervor, insbesondere, unter vielen anderen Arten, der Habichtsadler (Hieraaetus fasciatus), der Uhu (Bubo bubo), die Busch-Nachtigall (Cercothricas galactotes).
Außerdem sollte man das Vorkommen von Fischottern (Lutra lutra) und verschiedenen Arten von Fledermäusen wie Myotis myotis, Miniopterus schreibersi noch erwähnen.
Auf der Ebene der Habitate sind die ausgedehnten Bestände der rundblättrigen Steineiche (Quercus rotundifolia), die an den zum Fluss geneigten Hängen und an den Ufergalerien der Nebenflüsse des Guadianas vorkommen, besonders erwähnenswert.
|